生物通首頁 >  今日動態 > 專題總匯 > 單細胞RNA測序,眾多研究都pick它!

導語:
      多細胞測序和單細胞測序,你pick誰?如今,大多數研究人員也許會選擇后者,因為不一樣的角度,會帶來不一樣的見解。單細胞測序的最初動力來自癌癥研究,可幫助人們了解腫瘤異質性和腫瘤微環境。它還有助于我們了解其他的復雜生物系統,比如中樞神經系統和免疫系統。
      如今,單細胞分選工具和建庫技術的成熟,以及新一代測序技術的普及,讓人們能夠高通量地開展單細胞RNA測序(scRNA-seq)。考慮到單細胞實驗通常缺乏空間關系,新的方法和算法也將單細胞基因表達的測定與組織內的空間定位結合起來。更多>>
      以“Single Cell RNA Sequencing”作為關鍵詞在PubMed數據庫中搜索,相關文獻逐年增多,2019年更是達到1,777篇。下面我們就來看看單細胞RNA測序技術有哪些進步,以及今年發表了哪些成果。


細胞圖譜

    浙江大學郭國驥團隊繪制首個單細胞水平人類細胞圖譜

發表期刊:Nature
文章題目:Construction of a human cell landscape at single-cell level
發表日期:2020年3月25日

跨越胚胎和成年兩個時期,涵蓋八大系統,建立70多萬個單細胞的轉錄組數據庫,鑒定人體100余種細胞大類和800余種細胞亞類……近日,世界首個單細胞水平的人類細胞圖譜在浙大繪制成功了。這項研究首次從單細胞水平上全面分析了胚胎和成年時期的人體細胞種類,研究數據將成為探索細胞命運決定機制的資源寶庫。 詳情>>


    中外團隊聯合繪制小鼠內皮細胞的單細胞圖譜

發表期刊:Cell
文章題目:Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells
發表日期:2020年2月20日

內皮細胞是位于我們所有血管內部的專門細胞層,最新研究證實了這些細胞能夠適應周圍環境,適應器官的各種功能和需求。在這篇論文中,比利時魯汶癌癥研究所、中山大學等機構的研究人員對小鼠腦,肺,肝,結腸,小腸,睪丸,腎臟,脾臟,心臟和不同肌肉群的血管中的內皮細胞進行了鑒定。結果令研究人員感到驚訝。 詳情>>


    暨大團隊繪制胚胎造血細胞發育圖譜

發表期刊:Nature
文章題目:Deciphering Human Macrophage Development at Single-Cell Resolution
發表日期:2020年5月20日

通過高精度的單細胞轉錄組測序技術,研究人員繪制了人胚(孕8周內)的造血細胞發育圖譜;結合轉錄組、免疫表型和功能三個層面定義了人胚第一個具有多系分化潛能的造血祖細胞群體,即非造血干細胞來源的早期髓系祖細胞YSMP(yolk sac-derived myeloid-biased progenitor)。詳情>>


    中性粒細胞穩態和炎癥狀態下的單細胞發育和異質性圖譜

發表期刊:Nature Immunology
文章題目:Single-cell transcriptome profiling reveals neutrophil heterogeneity in homeostasis and infection
發表日期:2020年7月27日


中性粒細胞是天然免疫系統的主要組成部分,作為循環白細胞中數量最多的細胞類型,是宿主抵御入侵細菌等病原體的第一道防線。作者通過優化實驗條件,分別對小鼠穩態下的骨髓、外周血和脾臟進行中性粒細胞分離和單細胞RNA測序,并結合生物信息學方法建立了穩態條件下的中性粒單細胞圖譜。 詳情>>

    首次繪制靈長類動物的血管衰老單細胞圖譜

發表期刊:Nature Communications
文章題目:A single-cell transcriptomic landscape of primate arterial aging
發表日期:2020年5月5日

中國科學院動物研究所曲靜研究組、劉光慧研究組與北京大學湯富酬研究組合作,在《Nature Communications》雜志上發表論文。這項研究以食蟹猴為研究對象,首次繪制了靈長類動脈血管衰老的單細胞基因表達圖譜,進而揭示長壽基因FOXO3A的表達下調是血管衰老的驅動力。詳情>>

 
疾病研究

    全方位解析新冠病毒(SARS-CoV-2)的致病機制

發表期刊:Cell
文章題目:SARS-CoV-2 receptor ACE2 is an interferon-stimulated gene in human airway epithelial cells and is detected in specific cell subsets across tissues
發表日期:2020年4月24日

麻省理工學院(MIT)的科學家們通過分析人類、其他靈長類動物及小鼠的單細胞測序數據,鑒定出新冠病毒(SARS-CoV-2)的靶向細胞集,并詳細解析了其致病機制,為防治這一流行病及解決藥物的耐藥性問題提供理論基礎。 詳情>>


    深入剖析膠質母細胞瘤的異質性

發表期刊:Nature Communications
文章題目:Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy
發表日期:2020年7月8日

加拿大麥吉爾大學的研究人員近日開展了一項單細胞轉錄組學分析。他們發現,膠質母細胞瘤中存在的細胞群與正在發育的人類大腦中的細胞群相對應。這種癌細胞的“等級結構”有望為將來治療策略的開發提供信息。詳情>>


    肺癌治療導致細胞轉錄組發生變化

發表期刊:Cell
文章題目:Deciphering human macrophage development at single-cell resolution
發表日期:2020年4月24日

由加州大學舊金山分校領導的研究團隊在治療之前和治療期間,從轉移性肺癌患者中采集了樣本,并利用單細胞RNA測序開展分析。通過20,000多個細胞的轉錄組圖譜分析,他們揭開了豐富而動態的腫瘤生態系統。詳情>>

 
技術進步

    13種單細胞RNA測序方法的比較

發表期刊:Nature Biotechnology
文章題目:Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects
發表日期:2020年4月6日

單細胞RNA測序(scRNA-seq)是鑒定樣本中單個細胞轉錄組的主流方法。為了確保人們在實驗過程中使用最佳方法,由西班牙國家基因組分析中心(CNAG-CRG)領導的國際研究團隊對13種單細胞RNA測序方法開展了性能評估。 詳情>>


    單細胞轉錄組數據檢索新方法和參考數據庫

發表期刊:Nature Communications
文章題目:Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST
發表日期:2020年7月10日

研究人員發布了基于深度學習模型的單細胞轉錄組數據檢索和注釋的新方法Cell BLAST,以及具備高質量注釋的單細胞轉錄組參考數據庫ACA,為有效利用現有數據進行細胞注釋和跨數據集研究提供了新的工具和資源。詳情>>




 

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